Vienan Karjalaisten Liiton aloitteesta syntynyt opisto aloitti Kuusamon kirkonkylässä marraskuussa 1909 nimellä Itä-Pohjanmaan Kansanopisto. Nelisenkymmentä nuorta opiskeli ensimmäisenä lukukautena tuolloin Kirkkotien varrella sijainneessa Marttilan talossa.
Oman opistotalo valmistui 1914 arkkitehti J. A. Palmqvistin suunnittelemana. Kansalaissodan aikaan Kuusamon Kansanopisto toimi valkoisten varustelukeskuksena. Opiston alkuperäisen tehtävän, vienankarjalaisen nuorison valistamisen, toteuttaminen tuli itsenäisyyden myötä vaikeammaksi, kun Venäjän viranomaiset alkoivat entistä tarkemmin valvomaan karjalaisten rajanylityksiä Suomeen. Tehtävä tuli uudestaan ajankohtaiseksi itäkarjalaisten kansannousun 1921–1922 yhteydessä, jolloin yli 10 000 vienalaista tuli Suomeen pakolaisina. Heistä satakunta opiskeli uuden kotimaansa kieltä ja kulttuuria Kuusamon Kansanopistossa 1920-luvulla.
Lama-ajan alkaessa 1930 valmistui opiston asuntolarakennus Majala, joka toimi kesäisin matkailukäytössä. Uusi rehtori, agronomi Reino Pajari, alkoi uuden navetan myötä kehittää opiston maatalousopetusta.
Talvisodassa opiston rakennukset tulivat armeijan käyttöön. Opetus keskeytyi välirauhan ja jatkosodankin ajaksi, jolloin opisto toimi saksalaisten joukkojen sairaalana. Vuonna 1944 perääntyvät saksalaiset polttivat Kuusamon kirkonkylän opistorakennuksineen.
Vuonna 1958 valmistui uusi päärakennus. Siihen kuului juhlasali sekä tekstiilityön ja puutyön opetustilat ja erillinen opettajien asuntosiipi.
Opisto toimi kesäisin retkeilymajana, josta tuli erityisen suosittu 1960-luvulla lisääntyvän automatkailun myötä. Samalla maatilan pito kävi kannattamattomaksi: karjanhoidosta luovuttiin 1961 ja peltoviljely supistui kasvitarhaksi. Maataloudesta opisto suuntautui metsänhoidon opetukseen.
1970-luvulla maaltapako Ruotsiin ja Etelä-Suomeen aiheutti kansanopiston suosion laskun. Uusiksi opintosuunniksi valittiin matkailu ja kuvataiteen eri muodot: taidegrafiikka, maalaus ja kuvanveisto. Aloitettiin myös valokuvaus- ja videolinjat, ja käsityölinja muutettiin tekstiilitaiteen linjaksi. Kesäiset taideleirit keräsivät opiskelijoita ympäri Suomen.
Parhaimmillaan hyvin suosittu matkailulinja lopetettiin 1990-luvun puolivälissä ammatillisen matkailualan koulutuksen vietyä siltä vetovoimaa.
Kuusamo-opiston toimintaan ovat kuuluneet vuodesta 1987 Kuusamon Historiapäivät ja vuodesta 1998 alkaen joka toinen vuosi pidetty kansainvälinen Viena-symposium.
Vuonna 2011 Kuusamon kansanopisto ja kansalaisopisto yhdistyivät yhteisen Kuusamo-opiston kannatusyhdistyksen ylläpitämiksi. Kun samassa yhteydessä Pohjois-Pohjanmaan kesäyliopiston Kuusamon toimipaikka siirtyi Kuusamo-opiston tiloihin, syntyi Kuusamoon kolmen oppilaitoksen yhteinen vapaan sivistystyön keskus.